Dalam sejarahnya Nahakramo Baru dulunya berasal dari Sungai Hung dan hidup berpindah-pindah, ketika masa penjajahan Belanda mereka menetap di Sungai Peluncuk yang saat ini dikenal dengan Pelancau, dari Sungai Peluncuk mereka berpindah ke daerah Ngkah Limpak dan pada tahun 1972 berpindah ke Sungai Bengawat, ketika itu yang tinggal di Sungai Bengawat merupakan masyarakat yang sekarang ini menempati Desa Metut dan Desa Pelancau. Ketika mendengar di daerah Seturan ada program bangunan lokasi sosial, masyarakat yang tinggal di Sungai Bengawat bimbang, sebagian pindah ke Loreh sedangkan sebagian lagi memilih kembali ke Ngkah Limpak daerah lama yang telah mereka tinggalkan, karena alasan masa depan anak-anak akhirnya masyarakat yang tinggal di Ngkah Limpak berpindah ke Sungai Keramoh (Long Keramu)

Pada tahun 1999 terjadi banjir bandang yang maha dasyat, Sungai Malinau meluap sedemikian hebat hingga meluluhlantahkan pemukiman masyarakat yang tinggal di Sungai Keramoh, banjir bandang ini menjadi mimpi buruk tidak hanya masyarakat Pelancau yang tinggal di Sungai Keramoh tetapi beberapa desa terpaksa harus memindahkan lokasi pemukiman ke tempat yang lebih tinggi sebut saja Long Jalan, Long Lake, Punan Adiu, Punan Gong Solok dan beberapa desa lain nya. Akibat banjir ini  masyarakat yang tinggal di Sungai Keramoh (long keramu) mengungsi ke daerah Metut tepatnya bekas Perusahaan Kayu KM Roindo. Tahun 1999 mereka berpindah ke Liu Mutai dan ketika berpindah mereka masih menginduk dan berstatus sebagai masyarakat Desa Pelancau yang saat itu berada di Loreh, Desa pelancau yang berdiri di loreh mempunyai 2 RT, RT pertama berlokasi di Loreh di Ketuai Bapak Ibung Unyat sementara RT kedua bertempat di Liu Mutai di Ketuai oleh Bapak Samuel Aseng.

Berawal dari keinginan masyarakat yang tinggal di Liu Mutai ingin mendapatkan pelayanan Pemerintah yang lebih dekat, lebih efektif dan lebih efisien, Tahun 2002 masyarakat RT 2 mengajukan pemekaran desa kepada Camat Malinau Selatan Bpk. Ajang Kahang. Karena pada waktu itu Kepala Desa Pelancau, Bpk. Yahya tidak mengijinkan pemekaran desa, maka masyarakat RT 2 diberi bantuan berupa Semenisasi, Air Bersih, Gedung SD dan Pustu.

Tahun 2005, masyarakat RT 2 kembali mengusulkan Pemekaran Desa Lewat Camat Bpk. Lirang dan Kepala Desa Pelancau terpilih Bpk. Ibung Unyat. Usulan Pemekaran Desa disetujui oleh Camat dan akan diproses menjadi Kerangka desa asalkan Kepala Desa Pelancau mengijinkan Pemekaran Desa. karena terjadinya pergantian Camat tahun 2006, yang dijabat oleh Bpk. Yeremia, masyarakat RT 2 kembali mengusulkan Pemekaran Desa yang ketiga kalinya. Pemekaran desa ini didukung oleh Camat asalkan sesuai dengan persyaratan Pemekaran Desa.

Adanya kabar baik ini, maka beberapa Tokoh masyarakat RT 2 Desa pelancau yang bermukim di Liu Mutai melaksanakan musyawarah tentang persiapan pemekaran desa tersebut yang dihadiri oleh:

Samuel Aseng	Akai Piang	Usat Tangga
Jalung Ayu	Mulang Umpung	Bilung Aseng
Ligun Udau	Imang Baya	Maring Balah
Unyat Iman	Bilung Alang	David Aseng

Dengan melewati berbagai hal dan proses pemekaran sesuai dengan aturan hukum akhirnya pada bulan April 2010 Liu Mutai berubah nama dan resmi menjadi Desa Nahakramo Baru sesuai berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 14 Tahun 2008 tentang Pembentukan Desa – Desa Baru hasil Pemekaran Desa di Kabupaten Malinau. Pada saat itu, maka secara musyawarah ditunjuklah Bpk. Jalung Ayu sebagai Kepala Desa dan Bpk. Alang Unyat sebagai Sekretaris Desa.

Pada tahun 2022 ini, kepala desa yang saat ini menjabat adalah Alang Unyat, dimana pada wilayah administrasi tersebut terbagi dalam dua pemukiman yaitu di Liu Mutai dan Lekop. Di Liu Mutai terdapat satu RT yaitu RT 02 di ketuai oleh Fransiskus dengan jumlah KK sebanyak 20 KK dan jumlah jiwa nya adalah 74 jiwa, sedangkan di Lekop terdapat dua RT yaitu RT 01 diketuai oleh Samuel Aseng dan RT 03 diketuai Lawe Mulang dengan total KK sebanyak 42 KK dan jumlah jiwa sebanyak 137, Total penduduk Nahakramo sebesar 211 Jiwa.